Масс-спектрометрия - это метод анализа состава и структуры веществ, основанный на их ионизации, разделении по отношению массы к заряду (m/z) в электрических и магнитных полях, и регистрации образующихся ионов. Ввиду строгих закономерностей фракционирования молекул при ионизации, спектры масс можно использовать для идентификации индивидуальных соединений, в т.ч. макромолекул – белков, нуклеиновых кислот, полисахаридов. При анализе смеси веществ масс-спектр является суперпозицией спектров индивидуальных веществ, сложенных пропорционально доле данных веществ в анализируемой смеси. Несмотря на то, что микроорганизмы (грибы, бактерии, вирусы и т.д.) представляют собой смесь сотен тысяч отдельных химических соединений и их масс-спектр сложен и даже невозможен для интерпретации, метод непосредственного сравнения спектров «отпечаток пальца» позволяет надежно установить наличие и провести идентификацию микроорганизма в образце.