Во
времяпролетном масс-спектрометре MALDI-TOF MS с матрично-активированной лазерной десорбцией и ионизацией мишень, на которую нанесен образец, сокристаллизованный с матрицей, облучается лазером. Молекулы матрицы поглощают энергию лазера, вызывая испарение молекул образца, например, белков, пептидов, нуклеиновых кислот и т. д. В газовой фазе заряженные элементы, такие как протоны, переносятся на биологические молекулы, вызывая их ионизацию. Затем ионы ускоряются с помощью электрического поля, после чего регистрируется время их прибытия на детектор ионов. Отношение массы к заряду можно определить по времени пролета молекулы, поскольку оно обратно пропорционально массе молекулы.